Univerzita P. J. Šafárika v Košiciach >> Prírodovedecká fakulta >> Ústav chemických vied

Katedra biochémie

 Pracovisko biochémie a štruktúrnej analýzy biomakromolekúl

Pracovisko biochémie a štruktúrnej analýzy biomakromolekúl

O pracovisku | Kruhový dichroizmus | Príprava vzoriek | Aplikácie

Príprava vzoriek

Pre dosiahnutie najlepšieho pomeru signál/šum meraná látka by mala mať absorpciu v rozsahu 0.7-0.8. Nižšia, ako aj vyššia absorpcia má za následok zhoršenie tohoto pomeru.

Na kvalitu meraného spektra má veľký vplyv výber vhodného solventu, ktorý by mal mať nasledujúce vlastnosti:

  1. dobre solubilizovať meranú látku,
  2. priehľadnosť v meranej oblasti spektra,
Absorpcia rôznych solí a tlmivých roztokov v ďalekej UV oblasti (Franz X. Schmid "Spectral methods of characterizing protein conformation and conformational changes" pp. 251-285, in Protein Structure a practical approach, Ed. T.E. Creighton, IRL Press at Oxford University Press, 1989)
Soľ/tlmivý roztok   Neabsorbuje nad Absorbancia 0.01M roztoku v 0.1 cm kyvete pri
210 nm 200 nm 190 nm 180 nm
NaClO4   170 nm 0 0 0 0
NaF, KF   170 nm 0 0 0 0
Boric acid   180 nm 0 0 0 0
NaCl   205 nm 0 0.02 >0.5 >0.5
Na2HPO4   210 nm 0 0.05 0.3 >0.5
NaH2PO4   195 nm 0 0 0.01 0.15
Na-acetate   220 nm 0.03 0.17 >0.5 >0.5
Glycine   220 nm 0.03 0.1 >0.5 >0.5
Diethylamine   240 nm 0.4 >0.5 >0.5 >0.5
NaOH pH 12* 230 nm >0.5 >2 >2 >2
Boric acid, NaOH pH 9.1 200 nm 0 0 0.09 0.3
Tricine pH 8.5 230 nm 0.22 0.44 >0.5 >0.5
Tris pH 8.0 220 nm 0.02 0.13 0.24 >0.5
Hepes pH 7.5 230 nm 0.37 0.50 >0.5 >0.5
Pipes pH 7.0 230 nm 0.20 0.49 0.29 >0.5
Mops pH 7.0 230 nm 0.10 0.34 0.28 >0.5
Mes pH 6.0 230 nm 0.07 0.29 0.29 >0.5
Cacodylate pH 6.0 210 nm 0.01 0.20 0.22  

*Tlmivé roztoky boli titrované s 1M NaOH alebo 0.5 M H2SO4 na indikované hodnoty pH.

  1. opticky neaktívna,
  2. nesmie nevhodne ovplyvňovať vlastnosti študovanej látky.

Pre orientáciu uvádzame optické vlastnosti niektorých bežných rozpúšťadiel (podľa CD ORD Measurement manual, Jasco Corporation, Tokyo, Japan, December 1995):

Solvent Dolný limit (vlnová dĺžka) využitia solventu pre kyvetu s uvedenou dĺžkou optickej dráhy Poznámky
1 cm 1 mm 0.1 mm
n-hexane ~210 ~185 ~180 nepolárny
cyclohexane ~210 ~185 ~180 nepolárny
isooctane ~210 ~185 ~180 nepolárny
dioxane ~220 ~210 ~202 nepolárny, bežne používaný pre organické látky
benzene ~280 ~275 ~270 nepolárny, niekedy využívaný pre syntetické polyméry
carbon tetrachloride ~250 ~240 ~230 nepolárny
chloroform ~240 ~230 ~220 mierne polárny, využívaný pre porovnanie s NMR dátami
1, 2-dichlorethane ~220 ~210 ~200 nepolárny
methanol ~210 ~195 ~185 polárny, bežne využívaný pre organické látky
ethanol ~210 ~195 ~185 polárny, bežne využívaný pre organické látky
trifluoroacetic acid ~260 ~250 ~240 meranie syntetických polymérov, korózny
dimethylsulfoxide ~264 ~252 ~245 meranie syntetických polymérov
tetrahydrofuran ~220 ~210 ~204 meranie syntetických polymérov
t-decalin ~220     pre merania pri vysokých teplotách (b.v. 194.6°C)
P5-M1 ~220 ~210   isopentane/ methylcyclohexane (5:1) zmiešaný roztok, nepolárny roztok vhodný pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
EPA ~220 ~210   ethylether/isopentane/ ethanol (5:5:2) zmiešaný roztok, bežne používaný pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
ethanol/methanol (4:1) ~210 ~200   polárny roztok pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
distilled water ~185 ~180 ~175  
10 mM sodium phosphate   ~182    
0.1 M sodium phosphate   ~190    
0.1 M sodium chloride   ~195    
0.1 M Tris-HCl   ~200    
0.1 M ammonium citrate   ~220    



Viac informácii...