Pracovisko biochémie a štruktúrnej analýzy biomakromolekúl

O pracovisku | Kruhový dichroizmus | Príprava vzoriek | Aplikácie

Príprava vzoriek

Pre dosiahnutie najlepšieho pomeru signál/šum meraná látka by mala mať absorpciu v rozsahu 0.7-0.8. Nižšia, ako aj vyššia absorpcia má za následok zhoršenie tohoto pomeru.

Na kvalitu meraného spektra má veľký vplyv výber vhodného solventu, ktorý by mal mať nasledujúce vlastnosti:

dobre solubilizovať meranú látku,
priehľadnosť v meranej oblasti spektra,

Absorpcia rôznych solí a tlmivých roztokov v ďalekej UV oblasti (Franz X. Schmid "Spectral methods of characterizing protein conformation and conformational changes" pp. 251-285, in Protein Structure a practical approach, Ed. T.E. Creighton, IRL Press at Oxford University Press, 1989)
Soľ/tlmivý roztok		Neabsorbuje nad	Absorbancia 0.01M roztoku v 0.1 cm kyvete pri
Soľ/tlmivý roztok		Neabsorbuje nad	210 nm	200 nm	190 nm	180 nm
NaClO₄		170 nm	0	0	0	0
NaF, KF		170 nm	0	0	0	0
Boric acid		180 nm	0	0	0	0
NaCl		205 nm	0	0.02	>0.5	>0.5
Na₂HPO₄		210 nm	0	0.05	0.3	>0.5
NaH₂PO₄		195 nm	0	0	0.01	0.15
Na-acetate		220 nm	0.03	0.17	>0.5	>0.5
Glycine		220 nm	0.03	0.1	>0.5	>0.5
Diethylamine		240 nm	0.4	>0.5	>0.5	>0.5
NaOH	pH 12^*	230 nm	>0.5	>2	>2	>2
Boric acid, NaOH	pH 9.1	200 nm	0	0	0.09	0.3
Tricine	pH 8.5	230 nm	0.22	0.44	>0.5	>0.5
Tris	pH 8.0	220 nm	0.02	0.13	0.24	>0.5
Hepes	pH 7.5	230 nm	0.37	0.50	>0.5	>0.5
Pipes	pH 7.0	230 nm	0.20	0.49	0.29	>0.5
Mops	pH 7.0	230 nm	0.10	0.34	0.28	>0.5
Mes	pH 6.0	230 nm	0.07	0.29	0.29	>0.5
Cacodylate	pH 6.0	210 nm	0.01	0.20	0.22

^*Tlmivé roztoky boli titrované s 1M NaOH alebo 0.5 M H₂SO₄ na indikované hodnoty pH.

opticky neaktívna,
nesmie nevhodne ovplyvňovať vlastnosti študovanej látky.

Pre orientáciu uvádzame optické vlastnosti niektorých bežných rozpúšťadiel (podľa CD ORD Measurement manual, Jasco Corporation, Tokyo, Japan, December 1995):

Solvent	Dolný limit (vlnová dĺžka) využitia solventu pre kyvetu s uvedenou dĺžkou optickej dráhy			Poznámky
Solvent	1 cm	1 mm	0.1 mm	Poznámky
n-hexane	~210	~185	~180	nepolárny
cyclohexane	~210	~185	~180	nepolárny
isooctane	~210	~185	~180	nepolárny
dioxane	~220	~210	~202	nepolárny, bežne používaný pre organické látky
benzene	~280	~275	~270	nepolárny, niekedy využívaný pre syntetické polyméry
carbon tetrachloride	~250	~240	~230	nepolárny
chloroform	~240	~230	~220	mierne polárny, využívaný pre porovnanie s NMR dátami
1, 2-dichlorethane	~220	~210	~200	nepolárny
methanol	~210	~195	~185	polárny, bežne využívaný pre organické látky
ethanol	~210	~195	~185	polárny, bežne využívaný pre organické látky
trifluoroacetic acid	~260	~250	~240	meranie syntetických polymérov, korózny
dimethylsulfoxide	~264	~252	~245	meranie syntetických polymérov
tetrahydrofuran	~220	~210	~204	meranie syntetických polymérov
t-decalin	~220			pre merania pri vysokých teplotách (b.v. 194.6°C)
P5-M1	~220	~210		isopentane/ methylcyclohexane (5:1) zmiešaný roztok, nepolárny roztok vhodný pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
EPA	~220	~210		ethylether/isopentane/ ethanol (5:5:2) zmiešaný roztok, bežne používaný pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
ethanol/methanol (4:1)	~210	~200		polárny roztok pre meranie pri nízkych teplotách (-196°C)
distilled water	~185	~180	~175
10 mM sodium phosphate		~182
0.1 M sodium phosphate		~190
0.1 M sodium chloride		~195
0.1 M Tris-HCl		~200
0.1 M ammonium citrate		~220

Katedra

Výskum

Štúdium

Aktuality

Pracovisko biochémie a štruktúrnej analýzy biomakromolekúl

Príprava vzoriek