Pokročilé praktikum z biochémie

1. Základne princípy izolácie a analýzy nukleových kyselín: spektrálne určenie kvantity a kvality DNA vzoriek, elektroforetická analýza a vizualizácia nukleových kyselín pomocou rôznych fluorescenčných farbičiek.
2. Interakcia DNA s rôznym typom ligandu: interkalator (etídium bromid, daunorubicín, aktinomycín D, chloroquín, quinacrín), látky viažuce sa do malého žliabku DNA (netropsín, daktinomycín, Hoechst) a kovalentne viažuce sa látky (cisplatina, transplatina), určenie ich väzbovej konštanty a odvíjacieho uhla. Inhibícia DNA asociovaných enzýmov DNA viažucimi sa ligandmi.
3. Princípy neštandardných elektroforetických analýz, 2D elektroforézy, pulzná elektroforéza a gradientové elektroforézy.
4. Základne princípy izolácie proteínov. Kvantitatívna a kvalitatívna analýza proteínov: zrážanie, separácia proteínov pomocou gélovej a afinitnej chromatografie. Izolácia a extrakcia bázických proteínov (históny). Kvantitatívne stanovenie histónov. Využitie PAGE pri analýze proteínov.
5. Štúdium interakcie nukleových kyselín s proteínmi. Vyhľadávanie väzbových miest pomocou reštriktáz , DNA nukleáz a analýzou stop miest DNA/RNA polymeráz.